Điều trị bằng buồng oxy cao áp hầu như không có tác dụng phụ do không cần đưa chất lạ vào cơ thể người. Tuy nhiên nếu bệnh nhân mắc một trong các bệnh như áp xe khí kín, tràn khí màng phổi; bệnh động kinh; bệnh tăng huyết áp( HA>160/90mmHg); bệnh sợ vào phòng kín, mẫn cảm với oxy, viêm nhiễm ở mũi, họng, xoang mũi và tai giữa thì không được phép điều trị oxy cao áp,

Tuy nhiên những chống chỉ định trên chỉ mang tính chất tương đối. Trong trường hợp bắt buộc điều trị bằng oxy cao áp có thể khắc phục bằng các biện pháp hỗ trợ: Trích hoặc dẫn lưu các ổ khí kín trong cơ thể, dùng thuốc an thần chống động kinh, thuốc hạ huyết áp,… trước khi điều trị oxy cao áp.

Đối với việc điều trị các chấn thương bên ngoài

• Các vết thương hở lâu liền: Những vết thương này có thể do bị nhiễm trùng , do viêm tắc động mạch hay do liệt phải nằm lâu ngày gây loét, loét bàn chân ở người tiểu đường và nhiều trường hợp không rõ nguyên nhân. Oxy cao áp giúp các vết thương này ngừng hoại tử, giảm tiết dịch, phù nề, mô da phát triển nhanh và dễ liền sẹo hơn.
• Trong chấn thương chỉnh hình: Liệu pháp oxy cao áp có tác dụng nuôi dưỡng, hạn chế việc bị phù nề vùng vết thương. Không những vậy chúng còn giúp tránh gây nhiễm trùng nhất là nhiễm trùng kỵ khí. Oxy cao áp giúp xương, vùng nối ghép, vá da nhanh liền, chức năng vùng chấn thương, phẫu thuật nhanh hồi phục, góp phần hỗ trợ kết quả phẫu thuật tốt hơn. Oxy cao áp rất cần trong giai đoạn chuẩn bị và sau phẫu thuật cho bệnh nhân có độ đông máu kém, bệnh nhân mắc bệnh tiểu đường, bệnh tim.